Lo más rápido normalmente es pausar el juego, borrar una de las estaciones y volverla a construir ampliando la otra... suele ser caro, pero es lo mas practico, creo. Si no pausas el juego puedes tener algun vehiculo que le falte ruta.
Por cierto, si habia pasajeros esperando en esa parada o en otras con dirección a esa, probablemente desaparezcan.